มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พุทธศักราช 2486 ซึ่งประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 2กุมภาพันธ์ 2486 (60 ร.จ.228 ตอนที่7 ลงวันที่ 2กุมภาพันธ์2486)
ในการบริหารมหาวิทยาลัยนั้น ให้อยู่ในความควบคุมดูแลของสภามหาวิทยาลัย โดยมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตราธิการเป็นกรรมการโดยตำแหน่ง (มาตรา7) และในมาตรา 8 แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พุทธศักราช 2486กำหนดว่า "ให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตราธิการ เป็นนายกสภามหาวิทยาลัยโดยตำแหน่ง" ด้วยเหตุนี้ผู้ที่ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตราธิการจึงเป็นนายกสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์โดยตำแหน่ง ตั้งแต่ พ.ศ.2486 จนถึง พ.ศ.2502
เมื่อจัดตั้งสภาการศึกษาแห่งชาติขึ้นแล้ว ได้โอนมหาวิทยาลัยในสังกัดกระทรวงต่างๆ มาไว้สำนักนายกรัฐมนตรี ตั้งแต่วันที่ 2 กันยายน 2502 มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์จึงย้ายสังกัดจากกระทรวงเกษตราธิการมาสังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี นายกรัฐมนตรีในฐานะเจ้าสังกัดจึงดำรงตำแหน่งนายกสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์โดยตำแหน่ง ตั้งแต่วันที่ 2 กันยายน 2502 เป็นต้นมา
ต่อมาได้มีการยกเลิกพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พุทธศักราช 2486 และฉบับแก้ไขเพิ่มเติมให้ใช้พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พ.ศ. 2511 เมื่อวันที่ 31 ธันวาคม 2511 แทนในส่วนที่เกี่ยวกับตำแหน่งนายกสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์นั้น มีบัญญัติไว้ในมาตรา 13 ว่า
"ให้นายกรัฐมนตรีเป็นนายกสภามหาวิทยาลัย" ด้วยเหตุนี้ตั้งแต่ พ.ศ. 2511 เป็นต้นมา นายกรัฐมนตรีจึงเป็นนายกสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์โดยตำแหน่ง
ในปี พ.ศ. 2515 ได้มี ประกาศของคณะปฏิวัติ ฉบับที่ 180 พ.ศ. 2515 ประกาศเมื่อวันที่ 14 กรกฎาคม 2515 ได้แก้ไขเพิ่มเติมพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พ.ศ. 2511 ในมาตรา13 โดยบัญญัติว่า "นายกสภามหาวิทยาลัยจะได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้ง" ด้วยเหตุนี้นับตั้งแต่วันที่ 30สิงหาคม 2515 เป็นต้นมา นายกสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์จึงมิใช่เป็นโดยตำแหน่ง แต่จะได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งโดยมีวาระ 2 ปี เช่นเดียวกับที่บัญญัติไว้ในพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พ.ศ.2541 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา วันที่ 24 มีนาคม 2541
ต่อมาเมื่อวันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2558 พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พ.ศ. 2558 ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ให้มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์เป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐอย่างสมบูรณ์ ตำแหน่งนายกสภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ตามมาตรา 20 (1) นายกสภามหาวิทยาลัย ซึ่งจะได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้ง และมาตรา 21 นายกสภามหาวิทยาลัยและกรรมการสภามหาวิทยาลัยตามมาตรา 20 (2) (4) (5) (6) และ (7) มีวาระการดำรงตำแหน่งคราวละสามปี และจะทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งหรืออาจได้รับเลือกใหม่อีกได้
1. พลเรือเอก สินธุ์ กมลนาวิน
ครั้งที่ 1 10 มี.ค. 2485 - 24 ก.ค. 2487
ครั้งที่ 2 2 ส.ค. 2487 - 17 ก.ค. 2488
2. นายทวี บุณยเกตุ
ครั้งที่ 1 1 ก.ย. 2488 – 17 ก.ย 2488
ครั้งที่ 2 24 มี.ค. 2489 – 8 มิ.ย. 2489
ครั้งที่ 3 11 มิ.ย. 2489 – 21 ส.ค. 2489
4. พระยาอัชราชทรงสิริ
2 ก.พ. 2489 – 18 มี.ค. 2489
5. นายจรูญ สืบแสง
24 ส.ค. 2489 – 30 พ.ค. 2490
7. พันตรี ควง อภัยวงศ์
11 พ.ย. 2490 – 21 พ.ย. 2490
8. หม่อมเจ้าสิทธิพร กฤดากร
ครั้งที่ 1 22 พ.ย. 2490 – 6 ก.พ. 2491
ครั้งที่ 2 25 ก.พ. 2491 – 7 เม.ย. 2491
10. พระช่วงเกษตรศิลปการ
ครั้งที่ 1 30 พ.ย. 2491 – 24 ก.พ. 2492
ครั้งที่ 2 28 มิ.ย. 2492 – 28 พ.ย. 2494
11. พลเอก เภาเพียรเลิศ บริภัณฑ์ยุทธกิจ
29 พ.ย. 2494 - 5 ธ.ค. 2494
13. พลเรือโท หลวงสุนาวินวิวัฒ
28 มี.ค. 2495 – 11 ธ.ค. 2495
14. จอมพลผิน ชุณหะวัณ
ครั้งที่ 1 12 ธ.ค. 2496 – 25 ก.พ. 2500
ครั้งที่ 2 31 มี.ค. 2500 – 16 ก.ย. 2500
16. นายสวัสดิ์ มหาผล
10 ก.พ. 2502 – 26 ส.ค. 2502
17. จอมพล สฤษดิ์ ธนะรัชต์
2 ก.ย. 2502 – 8 ธ.ค. 2506
19. ศาสตราจารย์พิเศษ อินทรี จันทรสถิตย์(หลวงอิงคศรีกสิการ)
30 ส.ค. 2515 – 29 ส.ค. 2517
20. พระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าจักรพันธ์เพ็ญศิริ
ครั้งที่ 1 30 ส.ค. 2517 – 29 ส.ค. 2519
ครั้งที่ 2 30 ส.ค. 2519 – 29 ส.ค. 2521
ครั้งที่ 3 30 ส.ค. 2521 – 29 ส.ค. 2523
ครั้งที่ 4 30 ส.ค. 2523 – 29 ส.ค. 2525
ครั้งที่ 5 30 ส.ค. 2525 – 29 ส.ค. 2527
22. ศาสตราจารย์พิเศษ ประยูร จินดาประดิษฐ์
ครั้งที่ 1 30 ส.ค. 2531 – 29 ส.ค. 2533
ครั้งที่ 2 30 ส.ค. 2533 – 29 ส.ค. 2535
23. ศาสตราจารย์ ดร. สง่า สรรพศรี
ครั้งที่ 1 30 ส.ค. 2535 – 29 ส.ค. 2537
ครั้งที่ 2 30 ส.ค. 2537 – 29 ส.ค. 2539
24. ฯพณฯ นายอำพล เสนาณรงค์
ครั้งที่ 1 30 ส.ค. 2539 – 29 ส.ค. 2541
ครั้งที่ 2 30 ส.ค. 2541 – 29 ส.ค. 2543
ครั้งที่ 3 30 ส.ค. 2543 – 29 ส.ค. 2545
ครั้งที่ 4 30 ส.ค. 2545 – 29 ส.ค. 2547
ครั้งที่ 5 30 ส.ค. 2547 – 29 ส.ค. 2549
25. อาจารย์ปราโมทย์ ไม้กลัด
10 ต.ค. 2549 – 16 ต.ค. 2551
26. ศาสตราจารย์ ดร. กำพล อดุลวิทย์
ครั้งที่ 1 7 พ.ย. 2551 – 6 พ.ย. 2553
ครั้งที่ 2 7 พ.ย. 2553 – 6 พ.ย. 2555
รักษาการ 7 พ.ย. 2555 – 6 มี.ค. 2556
27. ศาสตราจารย์ ดร. นิวัติ เรืองพานิช
7 มี.ค. 2556 – 6 มี.ค. 2558
รักษาการ 7 มี.ค. 2558 – 7 เม.ย 2558
28. รองศาสตราจารย์ ดร. วิโรจ อิ่มพิทักษ์
8 เม.ย 2558 – 10 เม.ย 2560
29. ดร.กฤษณพงศ์ กีรติกร
11 เม.ย. 2560 - ปัจจุบัน
หอจดหมายเหตุ มก.
